定義
人の消化器官、特に大腸に定住して暮らしている微生物の集まりです。人間が消化できない食物繊維を分解して体に役立つ物質を作り出し、免疫系ともシグナルをやり取りします。外から摂取するプロバイオティクスとは異なり、もともと体内に根づいている生態系である点が大きな特徴です。
お腹の中に広がる巨大な微生物の生態系
私たちが毎日ご飯を食べるとき、食事を楽しんでいるのは私たちだけではありません。お腹の中には、目に見えない何十兆もの小さな生命たちが肩を寄せ合って暮らしています。これらは細菌だけでなく、古細菌や酵母など、さまざまな微生物の仲間たちで構成されています。
この小さな生命たちは、多様な植物や動物が共生するうっそうとした熱帯雨林のような生態系を形作っています。まるで都市の住民たちがそれぞれの役割を果たすように、微生物たちも各自の役割を持ちながら私たちの体と緊密に調和しています。
私たちが食事をして残った未消化物は、腸内微生物たちにとって大切なエサとなります。そして彼らの中には、ビタミンKなどの栄養素を作り出してくれるものもいます。
消化のパートナーであり、頼もしい免疫の門番
人の消化酵素は、野菜や全粒穀物に豊富に含まれる食物繊維を直接分解することができません。そのため、胃や小腸をそのまま通り抜けて大腸まで届いた食物繊維を、腸内細菌が代わりにエサとして分解してくれます。このとき微生物たちは、短鎖脂肪酸という貴重な代謝産物を作り出します。
この物質は腸壁の細胞にエネルギーを供給し、腸内環境を弱酸性に保つことで悪玉菌の増殖を抑えてくれます。有害物質が血管へと漏れ出さないよう腸壁を強固に保つ頼もしいバリアの役割をしっかりと果たしているのです。
腸壁の下には、多くの免疫細胞が集まっています。腸内細菌がしっかり場所を占めていることで、外から侵入した病原菌が定着しにくくなります。さらに、免疫細胞が何を攻撃して何を攻撃すべきでないかを学習する過程にも、これら微生物が深く関わっていることが知られています。
もう少し正確に言うと：細菌数の真実とバランス
かつては「腸内細菌の数は全身のヒト細胞の10倍もある」という説が長い間、定説のように広まっていました。しかし、精密な測定を行った最新の科学研究により、微生物の数はヒトの細胞数とほぼ同等の1対1規模であることが明らかになりました。たとえ10倍でなくても、約30兆個以上もの巨大な生命軍団が一緒に暮らしているという事実は、今なお驚くべきことです。
腸内細菌の世界で健康を左右する最も重要な鍵は、菌の多様性と生態系のバランスです。1〜2種類の菌だけが腸内を占めるのではなく、多種多様な菌が共存している状態のほうが総じて安定していると考えられています。
抗生物質は悪い菌だけを選んで殺すことができないため、この生態系を一時的に大きく揺さぶることがあります。また、食生活が変わるとわずか数日で菌の構成が変化することもあります。腸内細菌が脳とシグナルをやり取りしている（脳腸相関）という研究も進んでいますが、ヒトにおいてどこまで当てはまるのかは現在も解明が進められている途上です。
外から取り入れるプロバイオティクスとは、この点で大きく異なります。腸内微生物が「もともとそこに広がる森」だとすれば、プロバイオティクスはその森を一時的に訪れる「ゲスト」のような存在です。
よくある誤解
体内の細菌はすべて有害なので、消毒するようにすべて除菌するのが健康に良い。
腸内細菌の大部分は、消化を助け、病原菌が定着するのを防いでくれる共生パートナーです。無菌状態で育てられた実験動物は、免疫系が正常に発達しないことが分かっています。
腸内細菌の数は、全身のヒト細胞数より10倍も多い。
過去に広く広まっていた不正確な推定値です。最新の科学研究により、ヒトの細胞数と腸内細菌数はほぼ1対1と同等規模であることが明らかになっています。
日常で出会う場面
野菜や全粒穀物をしっかり食べたとき、腸内細菌が食物繊維を発酵させて有益な栄養素を作り出します。
食事内容を大きく変えると、わずか数日で腸内細菌の構成が変化するという研究 — この生態系が食事に素早く反応することを示しています。
抗生物質を長期間服用したあと、善玉菌まで一緒に減ってしまい、一時的に消化不良や軟便になることがあります。
つまり ひとことで
腸内細菌（腸内微生物）は大腸にもともと棲みついている微生物の生態系で、食物繊維を分解し、免疫系とシグナルをやり取りします。外から一時的に摂取するプロバイオティクスとは異なる、自分自身の生態系です。